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Area Proteomica

Spettrometria di Massa (MS)

L'unità è dotata di uno spettrometro di massa LTQ XL Ion Trap della ThermoFisher con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare1).

Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine.

In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS2). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica3)4) o label-free5). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti:

  • preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici;
  • analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle);
  • caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e\o farmaci;
  • interattomica mediante analisi di immunoprecipitati;
  • analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela.

Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati.

Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo Richiesta Servizio. Sarete contattati per un incontro preliminare.

Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione Linee Guida durante la preparazione del campione.

Contatto: Marta Ponzi
☎ +39 06 4990 3134
Dove siamo: edificio 30, piano A, stanza 11
1) Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry
2) Universal sample preparation method for proteome analysis
3) iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer
4) Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD
5) Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies