FIXME AGGIORNAMENTI IN BOZZA FIXME

Area

Next Generation Sequencing (NGS)


Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la Bio-Fab Research.

Lo scopo di questa collaborazione è di potenziare la facility NGS FAST dell'ISS con l’inserimento della tecnologia Illumina. La Bio-Fab Research da importanza principalmente alla qualità dei servizi cercando di mantenere i prezzi il più possibile accessibili. Il valore aggiunto lo si ottiene tramite la collaborazione, la competenza e l’interazione con il loro personale… [leggi di più]

Il servizio NGS dispone di un sistema di seconda generazione Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi “multi-target” a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento.

Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.

Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.

La lunghezza dei frammenti sequenziabili è variabile (200, 400 o 600 bp a seconda del quesito scientifico) e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando barcodes specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 1 e 100 ng (circa 10 ng/µL) a seconda dell'applicazione. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di reads per corsa.


Lo strumento Il chip a semiconduttore

A sinistra: lo strumento – a destra: il chip a semiconduttore



NGS: principio di funzionamento

Il principio di funzionamento


Prestazioni offerte

  1. analisi di genomi di piccole dimensioni;
  2. targeted sequencing da DNA: sequenziamento di pannelli di geni (“inventoried” o “custom”) correlati a specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie;
  3. targeted sequencing da RNA: sequenziamento di target specifici o gene expression;
  4. ChIP-Seq (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing): per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina.


Per accedere al servizio è necessario:

  1. Contattare preliminarmente il personale dell'area NGS;
  2. compilare il modulo online 'Richiesta Servizio' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
  3. verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.


Referente: Manuela Marra
☎ +39 06 4990 3051