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Area Proteomica
Liquid Chromatography Mass Spectrometry (LC-MS/MS)
L’unità LC-MS/MS è dotata di uno spettrometro di massa LTQ XL Ion Trap della ThermoFisher1) con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare2).
Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la conseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati.
Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all’identificazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione.
I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali.
Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine, altresì, in caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione viene effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS3). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica4) o label-free5) 6).
L'unità si avvale in particolare di un’ampia esperienza nei seguenti ambiti:
- preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici;
- analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle);
- caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e/o farmaci;
- interattomica mediante analisi di immunoprecipitati;
- analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela.
Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica dei risultati.
Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo Richiesta Servizio. Sarete contattati per un incontro preliminare.
Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione Linee Guida durante la preparazione del campione.
