L'Area di Microscopia è un laboratorio di ricerca dotato di:
tre microscopi confocali a scansione laser per studi in fluorescenza di sistemi cellulari, organismi intatti e tessuti biologici;
un microscopio rovesciato Olympus IX81 e un sistema Zeiss LSM 900 per la tecnica di microscopia live-imaging;
due microscopi elettronici a scansione ad alta risoluzione;
un microscopio elettronico a trasmissione per l'analisi a livello ultrastrutturale di sistemi biologici;
gli strumenti necessari alla preparativa dei campioni per la microscopia elettronica sia a scansione che a trasmissione.