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aree:ngs:start [2018/10/23 15:46] Gianluca Frustagli |
aree:ngs:start [2024/07/10 17:19] (versione attuale) Gianluca Frustagli [Next Generation Sequencing (NGS)] |
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| ====== Next Generation Sequencing (NGS) ====== | ====== Next Generation Sequencing (NGS) ====== | ||
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| - | + | * [[aree:ngs:start|Missione]] | |
| - | <WRAP right round info 50%> | + | * [[aree:ngs:strumenti|Strumentazione]] |
| - | {{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}} | + | * [[aree:ngs:servizi|Servizi]] |
| - | + | * [[aree:ngs:eventi|Eventi]] | |
| - | Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**. | + | * [[aree:ngs:richiesta|Richieste]] |
| - | + | * [[aree:ngs:chi_siamo|Chi siamo]] | |
| - | Lo scopo di questa collaborazione è di potenziare la facility NGS FAST dell'ISS con l’inserimento della tecnologia **Illumina**. La Bio-Fab Research da importanza principalmente alla qualità dei servizi cercando di mantenere i prezzi il più possibile accessibili. Il valore aggiunto lo si ottiene tramite la collaborazione, la competenza e l’interazione con il loro personale... [[aree:in_collaborazione:biofab_research:|[leggi di più]]] | + | |
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| - | Il servizio NGS dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"multi-target"// a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento. | + | {{ :aree:ngs:lab_ngs.jpeg |}} |
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| - | Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. | + | |
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| - | Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. | + | |
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| - | La lunghezza dei frammenti sequenziabili è variabile (200, 400 o 600 bp a seconda del quesito scientifico) e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcodes// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 1 e 100 ng (circa 10 ng/µL) a seconda dell'applicazione. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa. | + | |
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| - | <WRAP centeralign> | + | L'area NGS ha come obiettivo di offrire tecnologie di sequenziamento all’avanguardia e dati di alta qualità a ricercatori dell'ISS e di istituzioni esterne, sia accademiche che private. |
| - | {{aree:ngs:strumento-v2.jpeg?0x300|Lo strumento}} {{aree:ngs:chip-v2.jpeg?0x300|Il chip a semiconduttore}} | + | Il personale esperto dell’area NGS accompagna il ricercatore in tutte le fasi: dalla progettazione sperimentale al dato finale per applicazioni quali il sequenziamento microbico (SWGS, sia re-sequencing che de novo, 16S, RNAseq), sequenziamento mirato del DNA e dell’RNA basato sulla tecnologia Ampliseq (transcrittoma umano e murino, pannello Sars-CoV-2, altri pannelli specifici), esoma, RNA totale, microRNA, LncRNA, DNA circolante (ctDNA), amplicon sequencing. |
| - | <wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</wrap> | + | La facility NGS collabora con i ricercatori, sia interni all’ISS che esterni, per l’implementazione di nuove applicazioni. La facility inoltre supporta i ricercatori nella preparazione di domande di finanziamento di progetti che implichino Next Generation Sequencing e single cell OMICs. |
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| - | {{aree:ngs:funzionamento.png|NGS: principio di funzionamento}} | + | <WRAP center round info 65%> |
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| - | <wrap lo>Il principio di funzionamento</wrap> | + | |
| + | Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]** con lo scopo di integrare ed ampliare i servizi della facility NGS FAST dell'ISS... [[aree:in_collaborazione:biofab_research:|[leggi di più]]] | ||
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| - | ==== Prestazioni offerte ==== | ||
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| - | - **analisi di genomi di piccole dimensioni**; | ||
| - | - **targeted sequencing da DNA**: sequenziamento di pannelli di geni ("inventoried" o "custom") correlati a specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie; | ||
| - | - **targeted sequencing da RNA**: sequenziamento di target specifici o gene expression; | ||
| - | - **ChIP-Seq** (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing): per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina. | ||
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| - | > Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] | + | > Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] |
| - | > ☎ **+39 06 4990 3074/3051** | + | > ☎ **+39 06 4990 3051** |
