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Gianluca Frustagli [Prestazioni offerte] 		aree:ngs:start [2024/07/10 17:19] (versione attuale)
Gianluca Frustagli [Next Generation Sequencing (NGS)]
Linea 3: Linea 3:
 **Area** **Area**
  
-====== ​Sequenziamento ​======+====== ​Next Generation Sequencing (NGS) ======
  
-\\+<WRAP tabs> 
 +  * [[aree:​ngs:​start|Missione]] 
 +  * [[aree:​ngs:​strumenti|Strumentazione]] 
 +  * [[aree:​ngs:​servizi|Servizi]] 
 +  * [[aree:​ngs:​eventi|Eventi]] 
 +  * [[aree:​ngs:​richiesta|Richieste]] 
 +  * [[aree:​ngs:​chi_siamo|Chi siamo]] 
 +</​WRAP>​
  
-Il servizio di sequenziamento dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</​wrap>​ che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"​multi-target"//​ a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento. +{{ :aree:​ngs:​lab_ngs.jpeg |}}
- +
-Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'​interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'​incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. +
- +
-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'​analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. +
- +
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 600 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //​barcodes//​ specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa.+
  
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-<WRAP centeralign>​+L'area NGS ha come obiettivo di offrire tecnologie di sequenziamento all’avanguardia e dati di alta qualità a ricercatori dell'​ISS e di istituzioni esterne, sia accademiche che private.
  
-{{aree:ngs:​strumento-v2.jpeg?​0x300|Lo strumento}} {{aree:​ngs:​chip-v2.jpeg?​0x300|Il chip a semiconduttore}}+Il personale esperto dell’area NGS accompagna il ricercatore in tutte le fasi: dalla progettazione sperimentale al dato finale per applicazioni quali il sequenziamento microbico (SWGS, sia re-sequencing che de novo, 16S, RNAseq), sequenziamento mirato del DNA e dell’RNA basato sulla tecnologia Ampliseq (transcrittoma umano e murino, pannello Sars-CoV-2, altri pannelli specifici), esoma, RNA totale, microRNA, LncRNA, DNA circolante (ctDNA), amplicon sequencing.
  
-<wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</​wrap>​+La facility NGS collabora con i ricercatori,​ sia interni all’ISS che esterni, per l’implementazione di nuove applicazioni. La facility inoltre supporta i ricercatori nella preparazione di domande di finanziamento di progetti che implichino Next Generation Sequencing e single cell OMICs.
  
-\\ \\+\\
  
-{{aree:ngs:funzionamento.png|NGS: principio di funzionamento}} +<WRAP center round info 65%> 
- +{{:aree:in_collaborazione:biofab_research:​biofab_research.png?200}}
-<wrap lo>Il principio di funzionamento</​wrap>​+
  
 +Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://​www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]** con lo scopo di integrare ed ampliare i servizi della facility NGS FAST dell'​ISS... [[aree:​in_collaborazione:​biofab_research:​|[leggi di più]]]
 </​WRAP>​ </​WRAP>​
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-==== Prestazioni offerte ==== 
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-  - **analisi di genomi di piccole dimensioni**;​ 
-  - **targeted sequencing da DNA**: sequenziamento di pannelli di geni ("​inventoried"​ o "​custom"​) correlati a specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie; 
-  - **targeted sequencing da RNA**: sequenziamento di target specifici o gene expression; 
-  - **ChIP-Seq** (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing):​ per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina. 
  
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Linea 44: Linea 36:
 ==== Per accedere al servizio è necessario: ==== ==== Per accedere al servizio è necessario: ====
  
-  - Contattare preliminarmente il personale dell'​[[ngs.fast@iss.it|area ​Sequenziamento]];+  - Contattare preliminarmente il personale dell'​[[ngs.fast@iss.it|area ​NGS]];
   - compilare il modulo online '​**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**'​ illustrando brevemente la problematica scientifica,​ tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;   - compilare il modulo online '​**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**'​ illustrando brevemente la problematica scientifica,​ tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
   - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'​area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.   - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'​area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.
Linea 50: Linea 42:
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-> Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] +> Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] 
-> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**+> ☎ **+39 06 4990 3051**