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Gianluca Frustagli
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Manuela Marra [Next Generation Sequencing (NGS)]
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 **Area**
-====== Sequenziamento ======
+====== Next Generation Sequencing (NGS) ======
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+<WRAP tabs>
+  * [[aree:ngs:start|Missione]]
+  * [[aree:ngs:strumenti|Strumentazione]]
+  * [[aree:ngs:servizi|Servizi]]
+  * [[aree:ngs:eventi|Eventi]]
+  * [[aree:ngs:richiesta|Richieste]]
+  * [[aree:ngs:chi_siamo|Chi siamo]]
+</WRAP>
-Il servizio di sequenziamento dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"multi-target"// a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento.
+{{ :aree:ngs:lab_ngs.jpeg |}}
-Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.
-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 600 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcodes// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa.
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-<WRAP centeralign>
+L'area NGS ha come obiettivo di offrire tecnologie di sequenziamento multipiattaforma (Illumina, Ion Torrent,10X Genomics) all’avanguardia e dati di alta qualità a ricercatori dell'ISS e di istituzioni esterne, sia accademiche che private.
-{{aree:ngs:strumento-v2.jpeg?0x300|Lo strumento}} {{aree:ngs:chip-v2.jpeg?0x300|Il chip a semiconduttore}}
+Il personale esperto dell’area NGS accompagna il ricercatore in tutte le fasi: dalla progettazione sperimentale al dato finale per applicazioni quali il sequenziamento microbico (SWGS, sia re-sequencing che de novo, 16S, ITS, RNAseq), sequenziamento mirato del DNA e dell’RNA basato sulla tecnologia ampliseq (transcrittoma umano e murino, pannelli specifici), esoma, RNA totale, microRNA, LncRNA, amplicon sequencing, ChIP-seq.
-<wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</wrap>
+L’area ha esperienza di trascrittomica a singola cellula e di trascrittomica spaziale sia da campioni freschi che fissati.
+La facility NGS collabora con i ricercatori, sia interni all’ISS che esterni, per l’implementazione di nuove applicazioni.
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+La facility inoltre supporta i ricercatori nella preparazione di domande di finanziamento di progetti che implichino Next Generation Sequencing e single cell OMICs.
-{{aree:ngs:funzionamento.png|NGS: principio di funzionamento}}
-<wrap lo>Il principio di funzionamento</wrap>
-</WRAP>
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-==== Prestazioni offerte ====
-  - **analisi di genomi di piccole dimensioni**;
-  - **esoma e trascrittoma**;
-  - **targeted sequencing da DNA**: sequenziamento di pannelli di geni ("inventoried" o "custom") correlati a specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie;
-  - **targeted sequencing da RNA**: sequenziamento di target specifici o gene expression;
-  - **ChIP-Seq** (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing): per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina.
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 ==== Per accedere al servizio è necessario: ====
-  - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area sequenziamento]];
+  - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area NGS]];
-  - compilare il modulo online '**[[aree:ngs:richiesta|Richiesta servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
+  - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
   - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.
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-> Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]]
+> Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]]
-> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**
+> ☎ **+39 06 4990 3051**