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Gianluca Frustagli
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Gianluca Frustagli [Next Generation Sequencing (NGS)]
@@ Linea 3: / Linea 3: @@
 **Area**
-====== Sequenziamento (NGS) ======
+====== Next Generation Sequencing (NGS) ======
-I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori di seconda generazione (//Next Generation Sequencing//, NGS), studiati per piccoli laboratori, che hanno una capacità inferiore rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi di velocità, accuratezza e costi ridotti.
+<WRAP tabs>
+  * [[aree:ngs:start|Missione]]
+  * [[aree:ngs:strumenti|Strumentazione]]
+  * [[aree:ngs:servizi|Servizi]]
+  * [[aree:ngs:eventi|Eventi]]
+  * [[aree:ngs:richiesta|Richieste]]
+  * [[aree:ngs:chi_siamo|Chi siamo]]
+</WRAP>
+{{ :aree:ngs:lab_ngs.jpeg |}}
 \\
-==== Strumento ====
+L'area NGS ha come obiettivo di offrire tecnologie di sequenziamento all’avanguardia e dati di alta qualità a ricercatori dell'ISS e di istituzioni esterne, sia accademiche che private.
-Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un <wrap em>[[https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-pgm-system-for-next-generation-sequencing.html|Ion Torrent PGM]]</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore.
+Il personale esperto dell’area NGS accompagna il ricercatore in tutte le fasi: dalla progettazione sperimentale al dato finale per applicazioni quali il sequenziamento microbico (SWGS, sia re-sequencing che de novo, 16S, RNAseq), sequenziamento mirato del DNA e dell’RNA basato sulla tecnologia Ampliseq (transcrittoma umano e murino, pannello Sars-CoV-2, altri pannelli specifici), esoma, RNA totale, microRNA, LncRNA, DNA circolante (ctDNA), amplicon sequencing.
-{{:aree:ngs:strumento.png?0x300|Lo strumento}} {{:aree:ngs:chip.png?0x300|Il chip a semiconduttore}} \\
+La facility NGS collabora con i ricercatori, sia interni all’ISS che esterni, per l’implementazione di nuove applicazioni. La facility inoltre supporta i ricercatori nella preparazione di domande di finanziamento di progetti che implichino Next Generation Sequencing e single cell OMICs.
-<wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</wrap>
 \\
-==== Principio di funzionamento ====
+<WRAP center round info 65%>
+{{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}}
-{{ funzionamento.png?350|}} Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno dei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide, trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.
+Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]** con lo scopo di integrare ed ampliare i servizi della facility NGS FAST dell'ISS... [[aree:in_collaborazione:biofab_research:|[leggi di più]]]
+</WRAP>
+\\
-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa, non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.
+==== Per accedere al servizio è necessario: ====
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcode// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA.
+  - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area NGS]];
+  - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
+  - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.
 \\
-> Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]]
+> Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]]
-> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**
+> ☎ **+39 06 4990 3051**