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Gianluca Frustagli Aggiornamento per nuovi strumenti (concluso).
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-{{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di due spettrometri di massa ThermoFisher, un **Orbitrap Fusion** e un **LTQ XL Ion Trap** con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])).
+{{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di due Tribrid Orbitrap Fusion, spettrometri di massa ad alta risoluzione. L’architettura tri-ibrida combina tre analizzatori di massa: il quadrupolo, la trappola ionica e l’Orbitrap. Le tecniche di frammentazione impiegate sono multiple: CID (Collision Induced Dissociation), HCD (Higher-energy Collisional Dissociation) e ETD (Electron transfer dissociation) (([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). E’ presente anche una interfaccia FAIMS (field asymmetric-waveform ion-mobility spectrometry).
-Questi strumenti in-line con cromatografi nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine.
+Gli spettrometri, //in linea// con cromatografi nano-capillari, permettono la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti, attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da digestione in soluzione(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])) delle miscele peptidiche oppure da elettroforesi (PAGE) seguita da digestione in-gel delle proteine, in modo tale da effettuare una stima qualitativa e quantitativa del campione.
-In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti:
+Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti:
   * preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici;
   * analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle);
-  * caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e\o farmaci;
+  * caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e/o farmaci;
   * interattomica mediante analisi di immunoprecipitati;
   * analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela.
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