Area Proteomica
Reverse-Phase Protein microArrays (RPPA)
La tecnologia dei Reverse-Phase Protein microArrays (RPPA) è una piattaforma di analisi molecolare basata sull’utilizzo di anticorpi specifici e sfrutta i principi dell’amplificazione del segnale utilizzati nella diagnostica clinica, per misurare i livelli di centinaia di proteine e le loro modificazioni post-traduzionali (e.g. fosfo-proteine) su un numero elevato di estratti proteici1)2)3). Questa tecnologia permette di utilizzare campioni di varia natura: porzioni di tessuto tumorale, liquidi biologici come ad esempio siero o liquido cefalorachidiano e cellule tumorali derivate da pazienti e coltivate in vitro4)5)6)7).
L’unità ha acquisito esperienza specifica in campo oncologico e in particolare:
- nello studio degli effetti di inibitori di chinasi sull’organizzazione delle reti di trasduzione del segnale in cellule staminali tumorali;
- nella classificazione fosfoproteomica di campioni derivati da pazienti oncologici.
Un'applicazione innovativa è il riposizionamento, in diversi ambiti terapeutici, di farmaci approvati studiandone gli effetti sulle reti di trasduzione del segnale.
La strumentazione avanzata dell'unità comprende: un microdissettore a laser infrarosso per isolare specifiche porzioni di tessuto, un arrayer robotico per la microdeposizione dei campioni proteici su vetrini ricoperti da nitrocellulosa, un Autostainer per effettuare le immunocolorazioni e l'amplificazione del segnale in modo automatizzato, uno scanner a fluorescenza per digitalizzare i vetrini immunocolorati e una piattaforma software per l'analisi di immagine che consente la quantificazione e la normalizzazione del segnale. Questa dotazione rende l'unità di RPPA unica in Italia. Inoltre, in Tabella 1 è riassunto il numero di anticorpi validati per più di 20 vie di trasduzione del segnale per un totale di circa 400 anticorpi validati, la maggior parte diretti contro proteine fosforilate o altre modifiche post-traduzionali. Nuovi anticorpi vengono validati, di volta in volta, e aggiunti alla banca a seconda delle diverse esigenze progettuali.
L'unità di RPPA collabora con l'Istituto Nazionale Tumori di Milano, l'Istituto Nazionale Tumori Regina Elena, l'Università degli Studi di Roma “Tor Vergata”, l'Università Cattolica del Sacro Cuore e l'Università degli Studi di Palermo.
L'unità fornisce eventuale supporto tecnico-scientifico per l'estrazione delle proteine, la scelta mirata degli anticorpi da studiare e l'analisi statistico/bioinformatica dei dati normalizzati.
Per accedere al servizio è necessario:
- contattare preliminarmente il personale dell'unità RPPA;
- compilare il modulo online 'Richiesta Servizio' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia e numero di campioni, etc.;
- verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'unità per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.