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en:aree:ngs:start [2018/02/17 17:03] Gianluca Frustagli created |
en:aree:ngs:start [2024/07/10 17:21] (current) Gianluca Frustagli Updated reference to Bio-Fab collaboration. |
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| ~~NOTOC~~ | ~~NOTOC~~ | ||
| **Area** | **Area** | ||
| - | ====== Sequenziamento (NGS) ====== | + | ====== Next Generation Sequencing (NGS) ====== |
| - | I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori di seconda generazione (//Next Generation Sequencing//, NGS), studiati per piccoli laboratori, che hanno una capacità inferiore rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi di velocità, accuratezza e costi ridotti. | + | <WRAP tabs> |
| + | * [[en:aree:ngs:start|Mission]] | ||
| + | * [[en:aree:ngs:strumenti|Instrumentation]] | ||
| + | * [[en:aree:ngs:servizi|Services]] | ||
| + | * [[en:aree:ngs:eventi|Events]] | ||
| + | * [[en:aree:ngs:richiesta|Requests]] | ||
| + | * [[en:aree:ngs:chi_siamo|Staff]] | ||
| + | </WRAP> | ||
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| + | {{ :aree:ngs:lab_ngs.jpeg |}} | ||
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| - | ==== Strumento ==== | + | The NGS area aims to offer cutting-edge sequencing technologies and high-quality data to researchers from the ISS and external institutions, both academic and private. |
| - | Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un <wrap em>[[https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-pgm-system-for-next-generation-sequencing.html|Ion Torrent PGM]]</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore. | + | The expert staff of the NGS area accompanies the researcher in all phases: from the experimental design to the final data for applications such as microbial sequencing (SWGS, both re-sequencing and de novo, 16S, RNAseq), targeted DNA and RNA based on Ampliseq technology (human and mouse transcriptome, Sars-CoV-2 panel, other specific panels), exome, total RNA, microRNA, LncRNA, circulating DNA (ctDNA), amplicon sequencing. |
| - | {{:aree:ngs:strumento.png?0x300|Lo strumento}} {{:aree:ngs:chip.png?0x300|Il chip a semiconduttore}} \\ | + | The NGS facility collaborates with researchers, both internal to the ISS and external, for the implementation of new applications. The facility also supports researchers in preparing funding applications for projects involving Next Generation Sequencing and single cell OMICs. |
| - | <wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</wrap> | + | |
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| - | ==== Principio di funzionamento ==== | + | <WRAP center round info 65%> |
| + | {{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}} | ||
| - | {{ funzionamento.png?350|}} Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno dei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide, trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. | + | Since 2018-09-21 the ISS has established a scientific collaboration with **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**. The aim is to enhance the ISS NGS FAST facility... [[en:aree:in_collaborazione:biofab_research:|[read more]]] |
| + | </WRAP> | ||
| - | Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa, non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. | + | \\ |
| - | La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcode// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA. | + | |
| + | ==== To ask for the NGS service: ==== | ||
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| + | - Preliminary contact the [[ngs.fast@iss.it|Sequencing area staff]]; | ||
| + | - fill out the online form '**[[richiesta|Service Request]]**' briefly illustrating the scientific problem, type of sample (DNA, RNA etc.), number of samples to be sequenced etc.; | ||
| + | - Plan a meeting with the sequencing area staff to discuss methods of analysis, costs, timing etc. | ||
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| - | > Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] | + | > Contact: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] |
| - | > ☎ **+39 06 4990 3074/3051** | + | > ☎ **+39 06 4990 3051** |
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| + | /* > FIXME **To be revised.**\\ //(remove this paragraph once finished)// */ | ||
