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aree:proteomica:lc-ms_ms:start [2017/02/14 00:37] Gianluca Frustagli Nuova edizione |
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| Linea 1: | Linea 1: | ||
| - | **Area Proteomica** | ||
| - | ====== Liquid Chromatography Mass Spectrometry (LC-MS/MS) ====== | ||
| - | <wrap button>[[:aree:proteomica:lc-ms_ms:richiesta|Richiesta servizio]] [[:aree:proteomica:lc-ms_ms:protocolli|Protocolli]] [[:aree:proteomica:lc-ms_ms:bibliografia|Bibliografia]] [[:aree:proteomica:lc-ms_ms:faq|FAQ]]</wrap> \\ \\ | ||
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| - | {{:aree:proteomica:lc-ms_ms:lab.jpeg?400 |}} L’unità LC-MS/MS è dotata di uno spettrometro di massa LTQ XL Ion Trap della ThermoFisher((1)) con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare((2)). | ||
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| - | Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la conseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati. | ||
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| - | Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all’identificazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. | ||
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| - | I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. | ||
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| - | Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine, altresì, in caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione viene effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS((3)). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica((4)) o label-free((5)) ((Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD)). | ||
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| - | L'unità si avvale in particolare di un’ampia esperienza nei seguenti ambiti: | ||
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| - | * preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici; | ||
| - | * analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle); | ||
| - | * caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e/o farmaci; | ||
| - | * interattomica mediante analisi di immunoprecipitati; | ||
| - | * analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela. | ||
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| - | Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica dei risultati. | ||
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| - | Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo __[[richiesta|Richiesta Servizio]]__. Sarete contattati per un incontro preliminare. | ||
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| - | Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione. | ||
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| - | > Contatto: [[marta.ponzi@iss.it|Marta Ponzi]] | ||
| - | > Tel.: **06 4990 3134** | ||
| - | > Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | ||
