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aree:proteomica:ms:start [2018/09/05 15:27] Gianluca Frustagli |
aree:proteomica:ms:start [2023/03/03 21:19] Gianluca Frustagli Aggiornamento per nuovi strumenti (in corso...). |
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- | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di uno spettrometro di massa **LTQ XL Ion Trap** della ThermoFisher con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). | + | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di due Tribrid Orbitrap Fusion, spettrometri di massa ad alta risoluzione. L’architettura tri-ibrida combina tre analizzatori di massa: il quadrupolo, la trappola ionica e l’Orbitrap. Le tecniche di frammentazione impiegate sono multiple: CID (Collision Induced Dissociation), HCD (Higher-energy Collisional Dissociation) e ETD (Electron transfer dissociation) (([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). E’ presente anche una interfaccia FAIMS (field asymmetric-waveform ion-mobility spectrometry). |
- | Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione | + | §§§§ |
- | in-gel delle proteine. | + | |
+ | Questi strumenti, //in linea// con cromatografi nano-capillari, permettono la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine. | ||
In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | ||
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- verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'unità per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc. | - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'unità per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc. | ||
- | Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione. | + | <wrap em>Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione.</wrap> |
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- | > Contatto: [[marta.ponzi@iss.it|Marta Ponzi]] | + | > Contatto: [[serena.camerini@iss.it|Serena Camerini]] |
- | > ☎ **+39 06 4990 3134** | + | > ☎ **+39 06 4990 3164** |
+ | > Fax **+39 06 4990 2040** | ||
> Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | > Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | ||