Differenze
Queste sono le differenze tra la revisione selezionata e la versione attuale della pagina.
Entrambe le parti precedenti la revisione Revisione precedente Prossima revisione | Revisione precedente Prossima revisione Entrambe le parti successive la revisione | ||
aree:proteomica:ms:start [2017/09/13 16:29] Gianluca Frustagli |
aree:proteomica:ms:start [2020/09/29 13:17] Gianluca Frustagli [Spettrometria di Massa (MS)] Cambio referente. |
||
---|---|---|---|
Linea 1: | Linea 1: | ||
**Area Proteomica** | **Area Proteomica** | ||
- | ====== Mass Spectrometry (MassSpec) ====== | + | ====== Spettrometria di Massa (MS) ====== |
<WRAP tabs> | <WRAP tabs> | ||
Linea 9: | Linea 9: | ||
* [[:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Link & Tutorial]] | * [[:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Link & Tutorial]] | ||
* [[:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] | * [[:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] | ||
- | * [[:aree:proteomica:ms:faq|Chi siamo]] | ||
</WRAP> | </WRAP> | ||
- | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di uno spettrometro di massa **LTQ XL Ion Trap** della ThermoFisher con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). | + | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di due spettrometri di massa ThermoFisher, un **Orbitrap Fusion** e un **LTQ XL Ion Trap** con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). |
- | Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione | + | Questi strumenti, //in linea// con cromatografi nano-capillari, permettono la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione in-gel delle proteine. |
- | in-gel delle proteine. | + | |
In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | ||
Linea 27: | Linea 25: | ||
Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati. | Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati. | ||
- | Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo __[[aree:proteomica:ms:richiesta|Richiesta Servizio]]__. Sarete contattati per un incontro preliminare. | + | \\ |
- | Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione. | + | === Per accedere al servizio è necessario: === |
- | > Contatto: [[marta.ponzi@iss.it|Marta Ponzi]] | + | - contattare preliminarmente il [[chi_siamo|personale dell'unità MS]]; |
- | > <html><i class="fa fa-phone" aria-hidden="true"></i></html> **06 4990 3134** | + | - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia e numero di campioni etc.; |
+ | - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'unità per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc. | ||
+ | |||
+ | <wrap em>Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione.</wrap> | ||
+ | |||
+ | \\ | ||
+ | |||
+ | > Contatto: [[serena.camerini@iss.it|Serena Camerini]] | ||
+ | > ☎ **+39 06 4990 3164** | ||
+ | > Fax **+39 06 4990 2040** | ||
> Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | > Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | ||