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Gianluca Frustagli
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Gianluca Frustagli
@@ Linea 3: / Linea 3: @@
 **Area**
-====== Sequenziamento ======
+====== NGS ======
-I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori di seconda generazione (//Next Generation Sequencing//, NGS) studiati per piccoli laboratori che hanno una capacità inferiore rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi di velocità, accuratezza e costi ridotti.
 \\
-==== Strumento ====
+<WRAP right round info 50%>
+{{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}}
-Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un <wrap em>[[https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/sequencing/next-generation-sequencing/ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/ion-pgm-system-for-next-generation-sequencing.html|Ion Torrent PGM]]</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore.
+Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**.
-{{strumento.png?0x300|Lo strumento}} {{chip.png?0x300|Il chip a semiconduttore}} \\
+Lo scopo di questa collaborazione è di potenziare la facility NGS FAST dell'ISS con l’inserimento della tecnologia **Illumina**. La Bio-Fab Research da importanza principalmente alla qualità dei servizi cercando di mantenere i prezzi il più possibile accessibili. Il valore aggiunto lo si ottiene tramite la collaborazione, la competenza e l’interazione con il loro personale... [[aree:in_collaborazione:biofab_research:|[leggi di più]]]
-<wrap lo>A sinistra: lo strumento - a destra: il chip a semiconduttore</wrap>
+</WRAP>
+Il servizio di sequenziamento dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"multi-target"// a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento.
+Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.
+Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.
+La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 600 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcodes// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa.
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-==== Principio di funzionamento ====
+<WRAP centeralign>
-{{ funzionamento.png?350|}} Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.
+{{aree:ngs:strumento-v2.jpeg?0x300|Lo strumento}} {{aree:ngs:chip-v2.jpeg?0x300|Il chip a semiconduttore}}
-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l’analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.
+<wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</wrap>
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcode// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA.
+\\ \\
-===== Prestazioni offerte =====
+{{aree:ngs:funzionamento.png|NGS: principio di funzionamento}}
+<wrap lo>Il principio di funzionamento</wrap>
+</WRAP>
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+==== Prestazioni offerte ====
   - **analisi di genomi di piccole dimensioni**;
   - **targeted sequencing da DNA**: sequenziamento di pannelli di geni ("inventoried" o "custom") correlati a specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie;
   - **targeted sequencing da RNA**: sequenziamento di target specifici o gene expression;
   - **ChIP-Seq** (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing): per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina.
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+==== Per accedere al servizio è necessario: ====
+  - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area Sequenziamento]];
+  - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.;
+  - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.
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+> Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]]
+> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**