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aree:in_collaborazione:biofab_research:start [2018/10/17 16:51] Gianluca Frustagli [Bio-Fab Research] |
aree:in_collaborazione:biofab_research:start [2018/10/26 14:27] Gianluca Frustagli Connessione con la pagina dedicata agli altri servizi per la biologia molecolare.. |
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Linea 1: | Linea 1: | ||
- | **Area Sequenziamento** | + | ~~NOTOC~~ |
- | ====== Bio-Fab Research ====== | + | **Area NGS** |
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+ | ====== Collaborazione con Bio-Fab Research ====== | ||
{{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?350 |}} Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**. | {{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?350 |}} Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**. | ||
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* disponibilità di un servizio di bioinformatica in loco per l'interpretazione dei dati di NGS ed il supporto alle strategie di esperimento e alla pubblicazione dei lavori scientifici. | * disponibilità di un servizio di bioinformatica in loco per l'interpretazione dei dati di NGS ed il supporto alle strategie di esperimento e alla pubblicazione dei lavori scientifici. | ||
- | {{ :aree:in_collaborazione:biofab_research:miseq.png?300|}} Il servizio di sequenziamento NGS Bio-Fab dispone di uno strumento di seconda generazione per il sequenziamento massivo parallelo, il **MiSeq (Illumina)**. Questo sistema permette di integrare, in un unico strumento, la generazione dei cluster, l'amplificazione, il sequenziamento e l'analisi dei dati. Sfrutta la tecnologia di sequenziamento mediante sintesi (SBS) Illumina: il metodo si basa su terminatori reversibili e rileva le basi singole mentre vengono incorporate in filamenti di DNA paralleli in modo massivo. | + | Il servizio di sequenziamento NGS Bio-Fab dispone di uno strumento di seconda generazione per il sequenziamento massivo parallelo, il **MiSeq (Illumina)**. Questo sistema permette di integrare, in un unico strumento, la generazione dei cluster, l'amplificazione, il sequenziamento e l'analisi dei dati. Sfrutta la tecnologia di sequenziamento mediante sintesi (SBS) Illumina: il metodo si basa su terminatori reversibili e rileva le basi singole mentre vengono incorporate in filamenti di DNA paralleli in modo massivo. |
Questo strumento consente di sequenziare 25 milioni di frammenti in SR e 50 milioni di reads in PE ed ha un output massimo di 15 Gbp. La tipologia delle corse, in single read (SR) o paired end (PE), va da 1X75 a 2X300, potendo quindi sequenziare frammenti fino a 600bp. | Questo strumento consente di sequenziare 25 milioni di frammenti in SR e 50 milioni di reads in PE ed ha un output massimo di 15 Gbp. La tipologia delle corse, in single read (SR) o paired end (PE), va da 1X75 a 2X300, potendo quindi sequenziare frammenti fino a 600bp. | ||
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+ | {{ :aree:in_collaborazione:biofab_research:miseq.png?350 }} | ||
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===== Applicazioni ===== | ===== Applicazioni ===== | ||
* sequenziamento di piccoli genomi (**plasmidi, mitocondriale, virus, adenovirus, batteri**) fino al sequenziamento di genomi più grandi e complessi (**funghi**). | * sequenziamento di piccoli genomi (**plasmidi, mitocondriale, virus, adenovirus, batteri**) fino al sequenziamento di genomi più grandi e complessi (**funghi**). | ||
* **Amplicon sequencing**, approccio che permette di analizzare la variazione genetica in specifiche regioni genomiche. Il sequenziamento ultra-profondo dei prodotti PCR consente un'efficiente identificazione e caratterizzazione delle varianti. Questo metodo utilizza sonde oligonucleotidiche progettate per catturare regioni di interesse, successivamente sequenziate con il MiSeq. Questo servizio è completamente __personalizzabile__, potendo ri-sequenziare prodotti di PCR già amplificati (con dimensioni comprese fra 250 e 450 bp) o richiedere la costruzione di un __pannello specifico__ per geni o regioni di interesse sul genoma. | * **Amplicon sequencing**, approccio che permette di analizzare la variazione genetica in specifiche regioni genomiche. Il sequenziamento ultra-profondo dei prodotti PCR consente un'efficiente identificazione e caratterizzazione delle varianti. Questo metodo utilizza sonde oligonucleotidiche progettate per catturare regioni di interesse, successivamente sequenziate con il MiSeq. Questo servizio è completamente __personalizzabile__, potendo ri-sequenziare prodotti di PCR già amplificati (con dimensioni comprese fra 250 e 450 bp) o richiedere la costruzione di un __pannello specifico__ per geni o regioni di interesse sul genoma. | ||
- | * studi di Metagenomica tramite l'analisi del 16S o dell'ITS, con possibilità di estendere gli studi ad altre regioni d'interesse del ricercatore. | + | * studi di **metagenomica** tramite l'analisi del 16S o dell'ITS, con possibilità di estendere gli studi ad altre regioni d'interesse del ricercatore. |
===== Prestazioni offerte ===== | ===== Prestazioni offerte ===== | ||
- | - Sequenziamento di interi genomi (plasmidi, mitocondriale, adenovirus, virus, batteri, funghi ... fino a 70/100 Mbp); | + | - Sequenziamento di interi genomi (plasmidi, mitocondriale, adenovirus, virus, batteri, funghi... fino a 70/100 Mbp). |
- Amplicon sequencing. | - Amplicon sequencing. | ||
- Pannelli custom. | - Pannelli custom. | ||
- Pannelli inventoried Illumina. | - Pannelli inventoried Illumina. | ||
- | - Metagenomica 16S o ITS. | + | - Metagenomica 16S o ITS (DNA/rDNA). |
- Small RNA seq. | - Small RNA seq. | ||
- | - Servizio di **analisi bioinformatica**, sia sui dati prodotti dal MiSeq che sui dati già a disposizione del ricercatore: questo servizio è completamente **personalizzabile**, con lo sviluppo di pipeline dedicate ad ogni esigenza. | + | - Servizio di **analisi bioinformatica**, sia sui dati prodotti dal MiSeq che sui dati già a disposizione del ricercatore: questo servizio è completamente __personalizzabile__, con lo sviluppo di pipeline dedicate ad ogni esigenza. |
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+ | La Bio-Fab offre anche analisi di smallRNA, mRNA, Total RNA ed esomi interi ed altri **[[altro|servizi per la biologia molecolare]]** (a prezzi convenzionati per i dipendenti ISS). | ||
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+ | <wrap em>Per accedere al servizio è necessario inviare una e-mail all'indirizzo [[laboratori@biofabresearch.it]] illustrando brevemente la problematica scientifica: tipologia di campione (DNA, RNA etc), numero di campioni da sequenziare.</wrap> | ||
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- | La Bio-Fab offre anche analisi di smallRNA, mRNA, Total RNA ed esomi interi. | + | <ifintranet> |
+ | Per consultare il <wrap em>listino in convenzione</wrap> e per comunicazioni accedere all'area riservata della Bio-Fab dedicata all'ISS: | ||
- | Per accedere al servizio è necessario inviare una e-mail all'indirizzo [[laboratori@biofabresearch.it]] illustrando brevemente la problematica scientifica: tipologia di campione (DNA, RNA etc), numero di campioni da sequenziare. | + | > https://www.biofabresearch.it/iss/ |
+ | > user: ISS | ||
+ | > password: @iss2018@ | ||
+ | </ifintranet> | ||
- | <ifintranet>{{listino.pdf|Listino prezzi e descrizione dettagliata delle prestazioni offerte}}</ifintranet> | + | Per conoscere i dettagli di tutti i servizi, visitare il sito web della Bio-Fab o inviare un'e-mail. |
+ | > Dove siamo: edificio 10, piano B, stanza 6. | ||
+ | > ☎ +39 4990 3053 | ||
+ | > [[laboratori@biofabresearch.it]] | ||
+ | > [[https://www.biofabresearch.it]] |