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| - | * [[:aree:proteomica:rppa:bibliografia|Bibliografia]] | + | * [[en:aree:proteomica:rppa:bibliografia|Bibliography]] |
| - | * [[:aree:proteomica:rppa:link_tutorial|Link & Tutorial]] | + | * [[en:aree:proteomica:rppa:link_tutorial|Links & Tutorials]] |
| - | * [[:aree:proteomica:rppa:faq|FAQ]] | + | * [[en:aree:proteomica:rppa:faq|FAQ]] |
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| - | {{:aree:proteomica:rppa:rppa-lab.jpeg?300 |Laboratorio RPPA}} La tecnologia dei Reverse-Phase Protein microArrays (RPPA) è una piattaforma di analisi molecolare basata sull’utilizzo di anticorpi specifici e sfrutta i principi dell’amplificazione del segnale utilizzati nella diagnostica clinica, per misurare i livelli di centinaia di proteine e le loro modificazioni post-traduzionali (e.g. fosfo-proteine) su un numero elevato di estratti proteici((Mueller C, Liotta LA, Espina V. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20974554|Reverse phase protein microarrays advance to use in clinical trials.]] Mol Oncol. 2010 Dec;4(6):461-81. doi: 10.1016/j.molonc.2010.09.003. Epub 2010 Oct 16.))((Wulfkuhle JD et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16683004|Technology insight: pharmacoproteomics for cancer--promises of patient-tailored medicine using protein microarrays.]] Nat Clin Pract Oncol. 2006 May;3(5):256-68.))((Gallagher RI, Espina V. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25358623|Reverse phase protein arrays: mapping the path towards personalized medicine.]] Mol Diagn Ther. 2014 Dec;18(6):619-30. doi: 10.1007/s40291-014-0122-3.)). Questa tecnologia permette di utilizzare campioni di varia natura: porzioni di tessuto tumorale, liquidi biologici come ad esempio siero o liquido cefalorachidiano e cellule tumorali derivate da pazienti e coltivate in vitro((Locard-Paulet M et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26861043|Phosphoproteomic analysis of interacting tumor and endothelial cells identifies regulatory mechanisms of transendothelial migration.]] Sci Signal. 2016 Feb 9;9(414):ra15. doi: 10.1126/scisignal.aac5820.))((Santacatterina F et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25880557|Quantitative analysis of proteins of metabolism by reverse phase protein microarrays identifies potential biomarkers of rare neuromuscular diseases.]] J Transl Med. 2015 Feb 18;13:65. doi: 10.1186/s12967-015-0424-1.))((Gujral TS et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22945653|Profiling phospho-signaling networks in breast cancer using reverse-phase protein arrays.]] Oncogene. 2013 Jul 18;32(29):3470-6. doi: 10.1038/onc.2012.378. Epub 2012 Sep 3.))((Akbani R et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24871328|A pan-cancer proteomic perspective on The Cancer Genome Atlas.]] Nat Commun. 2014 May 29;5:3887. doi: 10.1038/ncomms4887.)). | + | {{:aree:proteomica:rppa:rppa-lab.jpeg?300 |RPPA Laboratory}} Reverse-Phase Protein microArrays (RPPA) is a technological platform for antibody-based (phospho-)proteomic analysis. RPPA takes advantage of signal amplification protocols used in clinical diagnostic tests, to measure hundreds of analytes simultaneously on hundreds of biological samples, with elevated sensitivity and starting from as low as 25 micrograms of protein extract((Mueller C, Liotta LA, Espina V. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20974554|Reverse phase protein microarrays advance to use in clinical trials.]] Mol Oncol. 2010 Dec;4(6):461-81. doi: 10.1016/j.molonc.2010.09.003. Epub 2010 Oct 16.))((Wulfkuhle JD et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16683004|Technology insight: pharmacoproteomics for cancer--promises of patient-tailored medicine using protein microarrays.]] Nat Clin Pract Oncol. 2006 May;3(5):256-68.))((Gallagher RI, Espina V. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25358623|Reverse phase protein arrays: mapping the path towards personalized medicine.]] Mol Diagn Ther. 2014 Dec;18(6):619-30. doi: 10.1007/s40291-014-0122-3.)). RPPA has been designed to study signal transduction pathways by relative quantification of proteins as well as their post-translational modifications. The type of samples that are suitable for such an analytical platform range from tissue and in vitro cultured cells to biological fluids such as urine, serum, saliva or cerebrospinal fluid. Therefore, RPPA is a multi-purpose, targeted analytical platform with a large spectrum of applicability((Locard-Paulet M et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/26861043|Phosphoproteomic analysis of interacting tumor and endothelial cells identifies regulatory mechanisms of transendothelial migration.]] Sci Signal. 2016 Feb 9;9(414):ra15. doi: 10.1126/scisignal.aac5820.))((Santacatterina F et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25880557|Quantitative analysis of proteins of metabolism by reverse phase protein microarrays identifies potential biomarkers of rare neuromuscular diseases.]] J Transl Med. 2015 Feb 18;13:65. doi: 10.1186/s12967-015-0424-1.))((Gujral TS et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22945653|Profiling phospho-signaling networks in breast cancer using reverse-phase protein arrays.]] Oncogene. 2013 Jul 18;32(29):3470-6. doi: 10.1038/onc.2012.378. Epub 2012 Sep 3.))((Akbani R et al. [[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24871328|A pan-cancer proteomic perspective on The Cancer Genome Atlas.]] Nat Commun. 2014 May 29;5:3887. doi: 10.1038/ncomms4887.)). |
| - | L’unità ha acquisito esperienza specifica in campo oncologico e in particolare: | + | Over the past 5 years, the RPPA unit at ISS has gained a specific expertise in oncology. In particular, the platform has been used to: |
| - | * nello studio degli effetti di inibitori di chinasi sull’organizzazione delle reti di trasduzione del segnale in cellule staminali tumorali; | + | * study the mechanism of action (MoA) of small molecule kinase inhibitors; |
| - | * nella classificazione fosfoproteomica di campioni derivati da pazienti oncologici. | + | * discover biomarkers of drug sensitivity in cancer stem cells, based on pathway activation profiling. |
| - | Un'applicazione innovativa è il riposizionamento, in diversi ambiti terapeutici, di farmaci approvati studiandone gli effetti sulle reti di trasduzione del segnale. | + | Another innovative field of application for the RPPA technology is drug repurposing, whereby the effects of approved or orphan drugs on signal transduction networks may be studied on diverse model system to uncover novel, potentially translatable molecular effects. |
| - | La strumentazione avanzata dell'unità comprende: un microdissettore a laser infrarosso per isolare specifiche porzioni di tessuto, un arrayer robotico per la microdeposizione dei campioni proteici su vetrini ricoperti da nitrocellulosa, un Autostainer per effettuare le immunocolorazioni e l'amplificazione del segnale in modo automatizzato, uno scanner a fluorescenza per digitalizzare i vetrini immunocolorati e una piattaforma software per l'analisi di immagine che consente la quantificazione e la normalizzazione del segnale. <wrap hi>Questa dotazione rende l'unità di RPPA unica in Italia</wrap>. Inoltre, in __{{:aree:proteomica:rppa:pathway_anticorpi-rppa-iss.xlsx|Tabella 1}}__ è riassunto il numero di anticorpi validati per più di 20 vie di trasduzione del segnale per un totale di circa __{{:aree:proteomica:rppa:validated_antibodies-rppa-iss.xlsx|400 anticorpi validati}}__, la maggior parte diretti contro proteine fosforilate o altre modifiche post-traduzionali. Nuovi anticorpi vengono validati, di volta in volta, e aggiunti alla banca a seconda delle diverse esigenze progettuali. | + | The advanced equipment of the RPPA unit comprises: |
| + | * a laser-capture microdissector with infrared laser, to cut user-selected portions of tissue from frozen tissue sections and minimize photo-damage of (phospho-)proteins; | ||
| + | * a robotic, contact pin arrayer that allows micro-deposition of hundreds of samples on nitrocellulose-coated slides; | ||
| + | * an //autostainer//, to allow automated immunostaining and signal amplification; | ||
| + | * a laser scanner to digitalize the fluorescent signal from spotted samples on the slide surface; | ||
| + | * a dedicated image analysis software for automated detection, quantification and normalization of signal. | ||
| - | L'unità di RPPA collabora con l'Istituto Nazionale Tumori di Milano, l'Istituto Nazionale Tumori Regina Elena, l'Università degli Studi di Roma "Tor Vergata", l'Università Cattolica del Sacro Cuore e l'Università degli Studi di Palermo. | + | <wrap hi>Such a pipeline of instruments makes the RPPA unit at ISS an unparalleled laboratory implementation in Italy</wrap>. |
| - | L'unità fornisce eventuale supporto tecnico-scientifico per l'estrazione delle proteine, la scelta mirata degli anticorpi da studiare e l'analisi statistico/bioinformatica dei dati normalizzati. | + | Moreover, the RPPA facility hosts a bank of __{{aree:proteomica:rppa:validated_antibodies-rppa-iss.xlsx|> 400 antibodies}}__ directed against proteins, phosho-proteins and other post-translational modifications (__{{aree:proteomica:rppa:pathway_anticorpi-rppa-iss.xlsx|Table 1}}__) The number of antibodies undergoing validation for RPPA use is increasing, based on the requirement of novel project collaborations. |
| - | Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo on-line [[aree:proteomica:rppa:richiesta|Richiesta Servizio]]. Sarete contattati per un incontro preliminare. | + | The RPPA unit at ISS has diverse internal collaborations as well as other national collaborators such as the National Cancer Institute in Milan and in Rome, the University of Rome "Tor Vergata", the "Catholic University of Rome" and the University of Palermo. |
| - | > Contatto: [[michele.signore@iss.it|Michele Signore]] | + | The RPPA unit at ISS may provide technical and scientific support in experimental design, samples preparation and data analysis. |
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| + | === To ask for the service: === | ||
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| + | - preliminary contact the [[chi_siamo|RPPA unit staff]]; | ||
| + | - fill out the online form '**[[richiesta|Service Request]]**' briefly illustrating the scientific problem, type and number of samples etc.; | ||
| + | - plan a meeting with the unit staff to discuss methods of analysis, costs, timing etc. | ||
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| + | > Contact: [[michele.signore@iss.it|Michele Signore]] | ||
| > ☎ **+39 06 4990 4453** | > ☎ **+39 06 4990 4453** | ||
| - | > Dove siamo: **GB-BS, stanza 7** | + | > Where we are: **GB-BS, room 7** |
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