Differences
This shows you the differences between two versions of the page.
| Next revision | Previous revision | ||
|
en:aree:proteomica:ms:start [2018/02/17 17:10] Gianluca Frustagli created |
en:aree:proteomica:ms:start [2023/06/22 12:43] (current) Gianluca Frustagli Update of text regarding new instruments. |
||
|---|---|---|---|
| Line 1: | Line 1: | ||
| - | > FIXME **This page is not fully translated, yet.**\\ //(remove this paragraph once the translation is finished)// | + | **Proteomics Area** |
| - | **Area Proteomica** | + | ====== Mass Spectrometry (MS) ====== |
| - | ====== Spettrometria di Massa (MS) ====== | + | |
| <WRAP tabs> | <WRAP tabs> | ||
| - | * [[:aree:proteomica:ms:richiesta|Richiesta servizio]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:richiesta|Service request]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:linee_guida|Linee guida]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:linee_guida|Guidelines]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:protocolli|Protocolli]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:protocolli|Protocols]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:bibliografia|Bibliografia]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:bibliografia|Bibliography]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Link & Tutorial]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Links & Tutorials]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] |
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| - | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di uno spettrometro di massa **LTQ XL Ion Trap** della ThermoFisher con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). | + | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} Two **Tribrid Orbitrap Fusion** high resolution mass spectrometers are present in the MS Unit. The Tribrid architecture combines three mass analyzers: a quadrupole, an ion trap and an Orbitrap. Multiple fragmentation techniques are adopted: CID (Collision Induced Dissociation), HCD (Higher-energy Collisional Dissociation) and ETD (Electron transfer dissociation)(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). |
| - | Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione | + | A FAIMS interface //(field asymmetric-waveform ion-mobility spectrometry)// is also available. The spectrometers, on line with nano-capillary chromatographs, allow the separation of more or less complex peptide mixtures and the subsequent identification of the constituent proteins, through dedicated software. This instrumentation is of great support in those biomedical research projects in which one is interested in the identification and/or characterization of proteins and their level of expression. The samples to analyze can be many: synthetic proteins, semi-purified proteins, immuno-precipitations, sub-proteomes, total proteomes. Generally, the LC-MS/MS analysis is preceded by protein mixture in solution digestion(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])) or protein separation by electrophoresis (PAGE) followed by in-gel digestion, in order to carry out a qualitative and quantitative estimation of the sample. |
| - | in-gel delle proteine. | + | |
| - | In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | + | In comparative studies it is possible to determine the relative quantity using isotope labeling(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) or label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])) techniques. In particular, the unit draws on extensive experience in the following areas: |
| - | * preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici; | + | * preparation and characterization, also through quantitative comparative analysis, of sub-proteomes extracted from cultured cells, fluids and other biological tissues; |
| - | * analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle); | + | * analysis of membrane microdomains (rafts) and extracellular vesicles (exosomes and microparticles); |
| - | * caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e\o farmaci; | + | * characterization of proteins: analysis of the protein sequence by combining different enzymes, study of post-translational modifications, determination of the N-terminus and neo-N-termini by chemical derivatization, formation of adducts between proteins and small molecules and/or drugs; |
| - | * interattomica mediante analisi di immunoprecipitati; | + | * interactomics by analysis of immunoprecipitates; |
| - | * analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela. | + | * quantitative analysis of specific peptides in mixture. |
| - | Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati. | + | Several bioinformatic analysis approaches are available for the analysis of results. |
| - | Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo __[[aree:proteomica:ms:richiesta|Richiesta Servizio]]__. Sarete contattati per un incontro preliminare. | + | \\ |
| - | Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione. | + | === To ask for the service: === |
| - | > Contatto: [[marta.ponzi@iss.it|Marta Ponzi]] | + | - preliminary contact the [[chi_siamo|MS unit staff]]; |
| - | > ☎ **+39 06 4990 3134** | + | - fill out the online form '**[[richiesta|Service Request]]**' briefly illustrating the scientific problem, type and number of samples etc.; |
| - | > Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | + | - plan a meeting with the unit staff to discuss methods of analysis, costs, timing etc. |
| + | |||
| + | <wrap em>We recommend that you follow the advices in the '[[linee_guida|Guidelines]]' section during sample preparation.</wrap> | ||
| + | |||
| + | \\ | ||
| + | |||
| + | > Contact: [[serena.camerini@iss.it|Serena Camerini]] | ||
| + | > ☎ **+39 06 4990 3164** | ||
| + | > Fax **+39 06 4990 2040** | ||
| + | > Where we are: building **30**, floor **A**, room **11** | ||
| + | |||
| + | /* > FIXME **To be revised.**\\ //(remove this paragraph finished)// */ | ||
