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en:aree:proteomica:ms:start [2018/02/17 17:10] Gianluca Frustagli created |
en:aree:proteomica:ms:start [2020/09/29 13:22] Gianluca Frustagli [Mass Spectrometry (MS)] Referent change. |
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| - | * [[:aree:proteomica:ms:richiesta|Richiesta servizio]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:richiesta|Service request]] |
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| - | * [[:aree:proteomica:ms:protocolli|Protocolli]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:protocolli|Protocols]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:bibliografia|Bibliografia]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:bibliografia|Bibliography]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Link & Tutorial]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:link_tutorial|Links & Tutorials]] |
| - | * [[:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] | + | * [[en:aree:proteomica:ms:faq|FAQ]] |
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| - | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} L'unità è dotata di uno spettrometro di massa **LTQ XL Ion Trap** della ThermoFisher con frammentazione ETD (Electron Transfer Dissociation) supplementare(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). | + | {{:aree:proteomica:ms:lab.jpeg?400 |}} The unit is equipped with two mass spectrometer from ThermoFisher, an **Orbitrap Fusion** and a **LTQ XL Ion Trap** with an additional ETD (Electron Transfer Dissociation) fragmentation(([[http://www.pnas.org/cgi/content/full/101/26/9528|Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry]])). |
| - | Questo strumento in-line con un cromatografo nano-capillare permette la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da elettroforesi (PAGE) per una stima qualitativa e quantitativa del campione seguita da digestione | + | These instruments, in-line with nano-capillary chromatographs, allows the separation of peptide mixtures with different complexity degree and the subsequent identification of the constituent proteins through dedicated software (LC-MS / MS analysis). This instrumentation is of great support in the biomedical research projects that require the identification and/or characterization of proteins and their level of expression. The samples to be analyzed can be multiple: synthetic proteins, semi-purified proteins, immuno-precipitation, sub-proteomes, total proteomes. Generally, the LC-MS / MS analysis is preceded by electrophoresis (PAGE) for a qualitative and quantitative estimate of the sample followed by protein in-gel digestion. |
| - | in-gel delle proteine. | + | |
| - | In caso di campioni molto poveri o per necessità metodologiche, la digestione può essere effettuata in soluzione e seguita da cromatografia off-line prima dell’analisi LC-MS/MS(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) o label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti: | + | In case of very poor samples or for methodological needs, the digestion can be carried out in solution and followed by off-line chromatography before the LC-MS /MS analysis(([[http://www.nature.com/nmeth/journal/v6/n5/abs/nmeth.1322.html|Universal sample preparation method for proteome analysis]])). In comparative studies, relative quantitative determination is possible through isotopic labeling techniques(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17902639|iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer]]))(([[http://www.neurology.org/content/79/10/1012.abstract|Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD]])) or label-free(([[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23794183|Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies]])). The unit relies particularly on extensive experience in the following areas: |
| - | * preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici; | + | * preparation and characterization, also by means of quantitative comparative analysis, of sub-proteomes extracted from cultured cells, fluids and other biological tissues; |
| - | * analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle); | + | * analysis of membrane microdomains (rafts) and extra-cellular vesicles (exosomes and microparticles); |
| - | * caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e\o farmaci; | + | * protein characterization: protein sequence analysis by combining different enzymes, post-translational modifications, N-termini and neo-N-termini determination by chemical derivatization, analysis of protein adducts with small molecules and/or drugs; |
| - | * interattomica mediante analisi di immunoprecipitati; | + | * interactomics by analysis of immunoprecipitates; |
| - | * analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela. | + | * quantitative analysis of specific peptides in mixture. |
| - | Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati. | + | Several bioinformatic analysis approaches are available for the analysis of results. |
| - | Per accedere al servizio è necessario compilare il modulo __[[aree:proteomica:ms:richiesta|Richiesta Servizio]]__. Sarete contattati per un incontro preliminare. | + | \\ |
| - | Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione __[[linee_guida|Linee Guida]]__ durante la preparazione del campione. | + | === To ask for the service: === |
| - | > Contatto: [[marta.ponzi@iss.it|Marta Ponzi]] | + | - preliminary contact the [[chi_siamo|MS unit staff]]; |
| - | > ☎ **+39 06 4990 3134** | + | - fill out the online form '**[[richiesta|Service Request]]**' briefly illustrating the scientific problem, type and number of samples etc.; |
| - | > Dove siamo: edificio **30**, piano **A**, stanza **11** | + | - plan a meeting with the unit staff to discuss methods of analysis, costs, timing etc. |
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| + | <wrap em>We recommend that you follow the advices in the '[[linee_guida|Guidelines]]' section during sample preparation.</wrap> | ||
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| + | > Contact: [[serena.camerini@iss.it|Serena Camerini]] | ||
| + | > ☎ **+39 06 4990 3164** | ||
| + | > Fax **+39 06 4990 2040** | ||
| + | > Where we are: building **30**, floor **A**, room **11** | ||
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