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Gianluca Frustagli created
en:aree:ngs:start [2020/02/04 18:27] (current)
Gianluca Frustagli [To ask for the NGS service:] New contact: Manuela Marra.
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-> FIXME **This page is not fully translated, yet.**\\ //(remove this paragraph once the translation is finished)// 
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 ~~NOTOC~~ ~~NOTOC~~
  
 **Area** **Area**
  
-====== ​Sequenziamento (NGS) ======+====== ​Sequencing ​====== 
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 +The ISS sequencing service is equipped with the <wrap em>Ion GeneStudio S5 System</​wrap>,​ a next-generation sequencing (NGS) system based on semiconductor technology (Ion S5 chip) that enables simple and fast //​multi-targeted//​ sequencing workflows with high accuracy at reduced costs.  
 + 
 +Whenever a single nucleotide is incorporated during DNA polymerization,​ a hydrogen ion is released: the resulting pH variation is detected by the instrument within each CHIP well. The nucleotide incorporation is associated to each pH variation and the chemical signal is then converted into digital signal. Since the growing complementary DNA strand is flooded with a single species of nucleotide at a time, a signal is detectable only when a nucleotide is successfully incorporated.  
 + 
 +The Ion GeneStudio S5 System enables multiplexing of up to 96 fragment libraries on a single sequencing chip thank to the use of specific molecular //​barcodes//​ for sample-labelling.  
 + 
 +For DNA analysis, the required starting material is about 10-100 ng (at 10 ng/µl). 
 + 
 +The availability of 4 chip sizes (Ion chip 510, 520, 530 and 540) fits with many different applications and throughput needs and allows to achieve from 2–80 million reads per run.
  
-I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori di seconda generazione (//Next Generation Sequencing//,​ NGS), studiati per piccoli laboratori, che hanno una capacità inferiore rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi di velocità, accuratezza e costi ridotti. 
  
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-==== Strumento ====+<WRAP centeralign>​
  
-Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un <wrap em>​[[https://www.thermofisher.com/​us/​en/​home/​life-science/​sequencing/​next-generation-sequencing/​ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/​ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/​ion-pgm-system-for-next-generation-sequencing.html|Ion Torrent PGM]]</​wrap>​ che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore.+{{aree:ngs:​strumento-v2.jpeg?​0x300|The instrument}} {{aree:​ngs:​chip-v2.jpeg?0x300|The semiconductor chip}}
  
-{{:aree:ngs:​strumento.png?​0x300|Lo strumento}} ​{{:aree:ngs:chip.png?0x300|Il chip a semiconduttore}} \\ +<wrap lo>On the leftthe instrument -- on the rightthe semiconductor chip</​wrap>​ 
-<wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</​wrap>​+ 
 +\\ \\ 
 + 
 +{{aree:ngs:funzionamento.png|NGS: mechanism of action}} 
 + 
 +<wrap lo>Il principio di funzionamento</wrap
 + 
 +</WRAP>
  
 \\ \\
  
-==== Principio di funzionamento ​====+==== Applications ​====
  
-{{ funzionamento.png?​350|}} Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protonele variazioni di pH che avvengono all'​interno dei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'​incorporazione di un nucleotide, trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente ​(vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per voltasi ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.+Ion GeneStudio S5 technology is mainly indicated for the following applications: 
 +  * **Microbial sequencing** ​(DNA, RNA , //also de novo//)
 +  * **whole exome and transcriptome**;​ 
 +  * **Targeted DNA and RNA** sequencing based on the Ampliseq technology,​ 
 +  * **Small RNA and miRNA** sequencing;
  
-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'​analisi è più semplice e meno costosa, non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.+\\
  
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcode// specifici per ogni campioneLe analisi richiedono una quantità materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA.+==== To ask for the NGS service: ==== 
 + 
 +  - Preliminary contact the [[ngs.fast@iss.it|Sequencing area staff]]; 
 +  - fill out the online form '​**[[richiesta|Service Request]]**'​ briefly illustrating the scientific problem, type of sample ​(DNA, RNA etc.), number of samples to be sequenced etc.; 
 +  - Plan a meeting with the sequencing area staff to discuss methods of analysis, costs, timing etc.
  
 \\ \\
  
-Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] +Contact: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] 
-> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**+> ☎ **+39 06 4990 3051** 
 + 
 +/* > FIXME **To be revised.**\\ //(remove this paragraph once finished)// */