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aree:ngs:start [2018/10/17 18:27] Gianluca Frustagli |
aree:ngs:start [2020/01/22 08:53] (versione attuale) Manuela Marra [Per accedere al servizio è necessario:] |
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| Linea 3: | Linea 3: | ||
| **Area** | **Area** | ||
| - | ====== Sequenziamento ====== | + | ====== Next Generation Sequencing (NGS) ====== |
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| - | <WRAP lo left round info 50%> | + | <WRAP right round info 50%> |
| {{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}} | {{:aree:in_collaborazione:biofab_research:biofab_research.png?200}} | ||
| Linea 15: | Linea 15: | ||
| </WRAP> | </WRAP> | ||
| - | Il servizio di sequenziamento dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"multi-target"// a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento. | + | Il servizio NGS dispone di un sistema di seconda generazione <wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"multi-target"// a costi contenuti e tempi ridotti rispetto ad altri sistemi di sequenziamento. |
| Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. | Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. | ||
| Linea 21: | Linea 21: | ||
| Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. | Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. | ||
| - | La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 600 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcodes// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa. | + | La lunghezza dei frammenti sequenziabili è variabile (200, 400 o 600 bp a seconda del quesito scientifico) e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcodes// specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 1 e 100 ng (circa 10 ng/µL) a seconda dell'applicazione. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa. |
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| Linea 52: | Linea 52: | ||
| ==== Per accedere al servizio è necessario: ==== | ==== Per accedere al servizio è necessario: ==== | ||
| - | - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area Sequenziamento]]; | + | - Contattare preliminarmente il personale dell'[[ngs.fast@iss.it|area NGS]]; |
| - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.; | - compilare il modulo online '**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia di campione (DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.; | ||
| - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc. | - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc. | ||
| Linea 58: | Linea 58: | ||
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| - | > Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] | + | > Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] |
| - | > ☎ **+39 06 4990 3074/3051** | + | > ☎ **+39 06 4990 3051** |
