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Manuela Marra [Per accedere al servizio è necessario:]
Linea 3: Linea 3:
 **Area** **Area**
  
-====== ​Sequenziamento ​(NGS) ======+====== ​Next Generation Sequencing ​(NGS) ======
  
-I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori ​di seconda generazione ​(//Next Generation Sequencing//, NGS), studiati ​per piccoli laboratori, che hanno una capacità inferiore ​rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi ​di velocitàaccuratezza ​costi ridotti.+\\ 
 + 
 +<WRAP right round info 50%> 
 +{{:​aree:​in_collaborazione:​biofab_research:​biofab_research.png?​200}} 
 + 
 +Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la **[[https://​www.biofabresearch.it|Bio-Fab Research]]**. 
 + 
 +Lo scopo di questa collaborazione è di potenziare la facility NGS FAST dell'​ISS con l’inserimento della tecnologia **Illumina**. La Bio-Fab Research da importanza principalmente alla qualità dei servizi cercando di mantenere i prezzi il più possibile accessibili. Il valore aggiunto lo si ottiene tramite la collaborazione,​ la competenza e l’interazione con il loro personale... [[aree:​in_collaborazione:​biofab_research:​|[leggi di più]]] 
 +</​WRAP>​ 
 + 
 +Il servizio NGS dispone di un sistema ​di seconda generazione ​<wrap em>Ion GeneStudio S5 Next-Generation Sequencing</wrap> che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite chip semiconduttore (Ion S5 chip) per offrire un’accurata analisi //"​multi-target"//​ a costi contenuti e tempi ridotti ​rispetto ad altri sistemi di sequenziamento. 
 + 
 +Ogni qual volta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'​interno nei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'​incorporazione ​di un nucleotide trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato. 
 + 
 +Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'​analisi è più semplice e meno costosa non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi. 
 + 
 +La lunghezza dei frammenti sequenziabili è variabile (200400 o 600 bp a seconda del quesito scientifico) ​si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //​barcodes//​ specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità di materiale di partenza compreso tra 1 e 100 ng (circa 10 ng/µL) a seconda dell'​applicazione. Sono disponibili chip di 4 dimensioni differenti (Ion chip 510, 520, 530 e 540) che offrono la massima flessibilità e si adattano alle diverse esigenze ed applicazioni consentendo di spaziare dai 2 agli 80 milioni di //reads// per corsa.
  
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-==== Strumento ====+<WRAP centeralign>​
  
-Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un <wrap em>​[[https://www.thermofisher.com/​us/​en/​home/​life-science/​sequencing/​next-generation-sequencing/​ion-torrent-next-generation-sequencing-workflow/​ion-torrent-next-generation-sequencing-run-sequence/​ion-pgm-system-for-next-generation-sequencing.html|Ion Torrent PGM]]</​wrap>​ che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore.+{{aree:ngs:strumento-v2.jpeg?​0x300|Lo strumento}} {{aree:​ngs:​chip-v2.jpeg?0x300|Il chip a semiconduttore}}
  
-{{.aree:​ngs:​strumento.png?​0x300|Lo strumento}} {{chip.png?​0x300|Il chip a semiconduttore}} \\ 
 <wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</​wrap>​ <wrap lo>A sinistra: lo strumento -- a destra: il chip a semiconduttore</​wrap>​
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 +\\ \\
 +
 +{{aree:​ngs:​funzionamento.png|NGS:​ principio di funzionamento}}
 +
 +<wrap lo>Il principio di funzionamento</​wrap>​
 +
 +</​WRAP>​
  
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-==== Principio di funzionamento ​====+==== Prestazioni offerte ​====
  
-{{ funzionamento.png?​350|}} Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protonele variazioni ​di pH che avvengono all'​interno dei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'​incorporazione ​di un nucleotide, trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente ​(vale dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per voltasi ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.+  - **analisi di genomi di piccole dimensioni**;​ 
 +  - **targeted sequencing da DNA**sequenziamento ​di pannelli ​di geni ("​inventoried"​ o "​custom"​) correlati ​specifiche malattie mendeliane o a determinati tipi di patologie;​ 
 +  - **targeted sequencing da RNA**: sequenziamento di target specifici o gene expression;​ 
 +  - **ChIP-Seq** (Chromatin Immunoprecipitation Sequencing): per mappare sul genoma i punti di legame di fattori di trascrizione o altre proteine associate alla cromatina. 
 + 
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-Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'​analisi ​è più semplice e meno costosa, non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.+==== Per accedere al servizio ​è necessario: ====
  
-La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando //barcode// specifici per ogni campioneLe analisi richiedono una quantità materiale ​di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µLper il DNA.+  - Contattare preliminarmente il personale dell'​[[ngs.fast@iss.it|area NGS]]; 
 +  - compilare il modulo online '​**[[richiesta|Richiesta Servizio]]**'​ illustrando brevemente la problematica scientifica,​ tipologia ​di campione ​(DNA, RNA etc.), numero di campioni da sequenziare etc.; 
 +  - verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'​area per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.
  
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-> Referente: [[fiorella.ciaffoni@iss.it|Fiorella Ciaffoni]] +> Referente: [[manuela.marra@iss.it|Manuela Marra]] 
-> ☎ **+39 06 4990 3074/3051**+> ☎ **+39 06 4990 3051**