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Area

Sequenziamento (NGS)

I PGM (personal genome machines) sono sequenziatori di seconda generazione (Next Generation Sequencing, NGS) studiati per piccoli laboratori, che hanno una capacità inferiore rispetto ad altri sequenziatori ma che presentano gli stessi vantaggi di velocità, accuratezza e costi ridotti.


Strumento

Il nostro servizio di sequenziamento dispone di un Ion Torrent PGM che sfrutta la tecnologia del sequenziamento tramite un CHIP a semiconduttore.

Lo strumento Il chip a semiconduttore
A sinistra: lo strumento - a destra: il chip a semiconduttore


Principio di funzionamento

Ogniqualvolta un nucleotide viene incorporato sul filamento in crescita viene rilasciato un protone: le variazioni di pH che avvengono all'interno dei singoli pozzetti che costituiscono il CHIP sono rilevate dallo strumento che associa ad ogni variazione l'incorporazione di un nucleotide, trasformando il segnale chimico in segnale digitale. Poiché ogni nucleotide viene interrogato singolarmente (vale a dire che il filamento in crescita viene esposto ad un nucleotide per volta) si ha segnale solo se il nucleotide viene incorporato.

Poiché questo sistema non utilizza molecole fluorescenti l'analisi è più semplice e meno costosa, non richiedendo né rivelatori di fluorescenza né elaborati sistemi di analisi.

La lunghezza dei frammenti sequenziabili è al massimo di 500 bp e si possono analizzare più campioni in parallelo utilizzando barcode specifici per ogni campione. Le analisi richiedono una quantità materiale di partenza compreso tra 10 e 100 ng (circa 10 ng/µL) per il DNA.


Referente: Fiorella Ciaffoni
Tel.: 06 4990 3074