Area Proteomica

Spettrometria di Massa (MS)

L'unità è dotata di due Tribrid Orbitrap Fusion, spettrometri di massa ad alta risoluzione. L’architettura tri-ibrida combina tre analizzatori di massa: il quadrupolo, la trappola ionica e l’Orbitrap. Le tecniche di frammentazione impiegate sono multiple: CID (Collision Induced Dissociation), HCD (Higher-energy Collisional Dissociation) e ETD (Electron transfer dissociation) ¹⁾. E’ presente anche una interfaccia FAIMS (field asymmetric-waveform ion-mobility spectrometry).

Gli spettrometri, in linea con cromatografi nano-capillari, permettono la separazione di miscele peptiche più o meno complesse e la susseguente identificazione delle proteine costituenti, attraverso software dedicati (analisi LC-MS/MS). Questa strumentazione è di grande supporto in quei progetti di ricerca biomedica in cui si è interessati all'individuazione e/o caratterizzazione di proteine e del loro livello di espressione. I campioni da analizzare possono essere molteplici: proteine sintetiche, proteine semi-purificate, immuno-precipitazioni, sub-proteomi, proteomi totali. Generalmente, l’analisi LC-MS/MS è preceduta da digestione in soluzione²⁾ delle miscele peptidiche oppure da elettroforesi (PAGE) seguita da digestione in-gel delle proteine, in modo tale da effettuare una stima qualitativa e quantitativa del campione.

Negli studi comparativi è possibile la determinazione quantitativa relativa attraverso tecniche di marcatura isotopica³⁾⁴⁾ o label-free⁵⁾. L'unità si avvale in particolare di un'ampia esperienza nei seguenti ambiti:

preparazione e caratterizzazione, anche mediante analisi comparativa quantitativa, di sub-proteomi estratti da cellule in coltura, fluidi e altri tessuti biologici;
analisi di microdomini di membrana (rafts) e vescicole extra-cellulari (esosomi e microparticelle);
caratterizzazione di proteine: analisi della sequenza proteica mediante combinazione di diversi enzimi, studio di modifiche post-traduzionali, determinazione dell'N-terminale e dei neo N-termini mediante derivatizzazione chimica, formazione di addotti tra proteine e piccole molecole e/o farmaci;
interattomica mediante analisi di immunoprecipitati;
analisi quantitativa di peptidi specifici in miscela.

Sono disponibili diversi approcci di analisi bioinformatica per l'analisi dei risultati.

Per accedere al servizio è necessario:

contattare preliminarmente il personale dell'unità MS;
compilare il modulo online 'Richiesta Servizio' illustrando brevemente la problematica scientifica, tipologia e numero di campioni etc.;
verrà quindi fissato un incontro con il personale dell'unità per discutere le modalità di analisi, i costi, la tempistica etc.

Si consiglia di attenersi a quanto riportato nella sezione Linee Guida durante la preparazione del campione.

Contatto: Serena Camerini
☎ +39 06 4990 3164
Fax +39 06 4990 2040
Dove siamo: edificio 30, piano A, stanza 11

¹⁾ Peptide and protein sequence analysis by electron transfer dissociation mass spectrometry

²⁾ Universal sample preparation method for proteome analysis

³⁾ iTRAQ Reagent-Based Quantitative Proteomic Analysis on a Linear Ion Trap Mass Spectrometer

⁴⁾ Increased levels of acute-phase inflammatory proteins in plasma of patients with sporadic CJD

⁵⁾ Critical assessment of proteome-wide label-free absolute abundance estimation strategies