Collaborazione con Bio-Fab Research

Dal 21/09/2018 l'ISS ha stabilito una collaborazione scientifica con la Bio-Fab Research.

Lo scopo di questa collaborazione è di potenziare la facility NGS FAST dell'ISS con l’inserimento della tecnologia Illumina. La Bio-Fab Research da importanza principalmente alla qualità dei servizi cercando di mantenere i prezzi il più possibile accessibili. Il valore aggiunto lo si ottiene tramite la collaborazione, la competenza e l’interazione con il loro personale:

• possibilità di interagire direttamente con il laboratorio e con il personale della Bio-Fab;
• sviluppo e ottimizzazione di nuovi protocolli e nuove tecnologie (sequenziamento di terza generazione MinIon Oxford Nanopore);
• disponibilità di un servizio di bioinformatica in loco per l'interpretazione dei dati di NGS ed il supporto alle strategie di esperimento e alla pubblicazione dei lavori scientifici.

Il servizio di sequenziamento NGS Bio-Fab dispone di uno strumento di seconda generazione per il sequenziamento massivo parallelo, il MiSeq (Illumina). Questo sistema permette di integrare, in un unico strumento, la generazione dei cluster, l'amplificazione, il sequenziamento e l'analisi dei dati. Sfrutta la tecnologia di sequenziamento mediante sintesi (SBS) Illumina: il metodo si basa su terminatori reversibili e rileva le basi singole mentre vengono incorporate in filamenti di DNA paralleli in modo massivo.

Questo strumento consente di sequenziare 25 milioni di frammenti in SR e 50 milioni di reads in PE ed ha un output massimo di 15 Gbp. La tipologia delle corse, in single read (SR) o paired end (PE), va da 1×75 a 2×300, potendo quindi sequenziare frammenti fino a 600bp.

• sequenziamento di piccoli genomi (plasmidi, mitocondriale, virus, adenovirus, batteri) fino al sequenziamento di genomi più grandi e complessi (funghi).
• Amplicon sequencing, approccio che permette di analizzare la variazione genetica in specifiche regioni genomiche. Il sequenziamento ultra-profondo dei prodotti PCR consente un'efficiente identificazione e caratterizzazione delle varianti. Questo metodo utilizza sonde oligonucleotidiche progettate per catturare regioni di interesse, successivamente sequenziate con il MiSeq. Questo servizio è completamente personalizzabile, potendo ri-sequenziare prodotti di PCR già amplificati (con dimensioni comprese fra 250 e 450 bp) o richiedere la costruzione di un pannello specifico per geni o regioni di interesse sul genoma.
• studi di metagenomica tramite l'analisi del 16S o dell'ITS, con possibilità di estendere gli studi ad altre regioni d'interesse del ricercatore.

1. Sequenziamento di interi genomi (plasmidi, mitocondriale, adenovirus, virus, batteri, funghi… fino a 70/100 Mbp).
2. Amplicon sequencing.
3. Pannelli custom.
4. Pannelli inventoried Illumina.
5. Metagenomica 16S o ITS (DNA/rDNA).
6. Small RNA seq.
7. Servizio di analisi bioinformatica, sia sui dati prodotti dal MiSeq che sui dati già a disposizione del ricercatore: questo servizio è completamente personalizzabile, con lo sviluppo di pipeline dedicate ad ogni esigenza.

La Bio-Fab offre anche analisi di smallRNA, mRNA, Total RNA ed esomi interi ed altri servizi per la biologia molecolare (a prezzi convenzionati per i dipendenti ISS).

Per accedere al servizio è necessario inviare una e-mail all'indirizzo laboratori@biofabresearch.it illustrando brevemente la problematica scientifica: tipologia di campione (DNA, RNA etc), numero di campioni da sequenziare.

Per conoscere i dettagli di tutti i servizi, visitare il sito web della Bio-Fab o inviare un'e-mail.

Dove siamo: edificio 10, piano B, stanza 6.
☎ +39 06 4990 3053
laboratori@biofabresearch.it
https://www.biofabresearch.it